El punto de muestreo ubicado aguas abajo de la planta Tronador registra un nivel de 1.100 partes por millón en 100 mililitros de escherichia coli, bacteria directamente vinculada con la materia fecal. Esta planta trata los líquidos cloacales de la mayor parte de la ciudad de Neuquén.

Similar situación se observa en la planta que se toma agua en Balsa Las Perlas donde también se detectó la presencia de 1.100 partes por millón de la bacteria. Este punto está ubicado aguas abajo de la planta de tratamiento de líquidos cloacales de Plottier que está colapsada. Esta toma de agua de Neuquén es una reserva fría porque el abastecimiento de agua potable se realiza desde el lago Mari Menuco.

La AIC monitorea 55 balnearios en la cuenca de los tres ríos, cuatro de los cuales no son aptos para uso recreativo, uno de ellos es la Isla Jordán. Para permitir este uso se acepta un máximo de 200 partes por millón de bacterias. En los neuquinos hay 120 en Sandra Canale, 160 en el Albino Cotro y 100 en el Río Grande. El de Plottier, aguas arriba de la planta, hay sólo 60 partes por millón.